Créé en 1999 par le Ministère de l’éducation nationale, de la recherche et de la technologie, au sein de l'École des hautes études en sciences sociales (EHESS), l’IISMM est depuis le 1er septembre 2016 une Unité Mixte de Service (UMS 2000) EHESS/CNRS.

Ouvrir un espace de collaborations et d'échanges entre chercheurs spécialisés dans l'étude du monde musulman (axes de recherche, séminaires de recherche, manifestations scientifiques); diffuser un enseignement et proposer un soutien aux jeunes chercheurs; contribuer à la diffusion des savoirs scientifiques sur l'Islam et le monde musulman, par ses publications, une veille éditoriale, des cycles de conférences ouverts à un large public, des actions de formation à destination de professionnels dans les administrations publiques et les entreprises.